Аннато использовался людьми на протяжении многих веков. Представители древних цивилизаций украшали им тела, применяли как естественный солнцезащитный крем, средство от насекомых, чернила. В настоящее время его основное применение - окрашивание и ароматизация пищи.
Смесь биксина и норбиксина - натуральный ингредиент, который используется в кухнях многих стран Латинской Америки, Карибского бассейна, Вьетнама, Филиппин. Широко применяется в пищевой промышленности. Входит в состав мороженого, тортов, йогуртов, напитков, маргарина, масла.
Используется во многих пищевых продуктах, предназначенных для определенных групп потребителей: вегетарианцев, веганов, членов религиозных групп, людей, потребляющих халяльные или кошерные продукты.
Благодаря своим антиоксидантным свойствам, помимо окрашивания пищевых продуктов, действует как консервант, предотвращая нежелательное окисление жиров.
Лабораторные исследования красителя показали, что он обладает антибактериальными свойствами. Были сообщения о возможном применении аннато для лечения рака.
Аннато применяется в производстве сыра. Повышенное содержание каротиноидов в траве в летний период способствует тому, что сыры, произведенные в этот период, имеют интенсивный желтый или оранжевый цвет. Потребители, которые стремятся к продукту высочайшего качества, выбирают сыры соответствующего цвета. Натуральный аннато является незаменимым ингредиентом популярных британских, например, чеддера, французских, например, мимолета, голландских, например, лейдена сыров. Используется в качестве важного элемента в кормах для домашней птицы для усиления цвета желтка.
Помимо пищевой промышленности, краситель аннато применяется в производстве цветной косметики и для окрашивания тканей.